La Ciudad de Panamá fue fundada el 15 de agosto de 1519 por Pedro Arias Dávila, siendo la primera ciudad española en las costas del Mar del Sur u Océano Pacífico y la más antigua de tierra firme que existe hasta nuestros días como ciudad. Su fundación reemplazó a las anteriores ciudades de Santa María la Antigua del Darién y Acla, convirtiéndose en la capital de Castilla del Oro. La Ciudad de Panamá se convirtió en el punto de partida para la exploración y conquista del Perú y ruta de tránsito para los cargamentos de oro y riquezas provenientes de todo el litoral pacífico del continente americano que se enviaban a España.
En 1671 la ciudad es atacada por las fuerzas del pirata inglés Henry Morgan con intenciones de saquear la ciudad. Por medidas de seguridad y de la población y los bienes, el Capitán General de Tierra Firme, Don Juan Pérez de Guzmán ordena evacuar la ciudad y volar los depósitos de pólvora provocando un gigantesco incendio que destruyó totalmente la ciudad.
La Ciudad de Panamá fue reconstruida en 1673 en una nueva localización a 2 km al oeste-suroeste de la ciudad original a las faldas del Cerro Ancón, conocida actualmente como el Casco Viejo de la ciudad.
En 1821, luego de la independencia de Panamá de España y su unión voluntaria a la Gran Colombia, la Ciudad de Panamá pasa de Capital de Castilla del Oro y el Ducado de Veraguas, a ser la Capital del Estado del Istmo.
La fiebre del oro en California, en 1848, convirtió nuevamente al istmo como la ruta de viajeros que cruzaban camino a la costa oeste de Norteamérica, devolviéndole el auge comercial a la ciudad. En 1855 empezó operaciones el Ferrocarril de Panamá, la primera vía férrea transoceánica desde la Ciudad de Panamá en el Pacífico hasta la costa atlántica del istmo.
En 1903 la República de Panamá declara su Separación de Colombia y la Ciudad de Panamá se convierte en la capital de la nueva nación panameña. Con los trabajos de construcción del Canal de Panamá se mejoró la infraestructura de la ciudad en aspectos como sanidad, la erradicación de la fiebre amarilla y la malaria, la reconstrucción de calles y alcantarillado, así como la introducción del primer sistema de agua potable.
El 20 de diciembre de 1989 el ejército de EE. UU. invade la Ciudad de Panamá con el propósito de capturar al general Manuel Antonio Noriega, comandante en jefe de la Fuerzas de Defensa y el último dictador militar de la República de Panamá, quien era acusado de narcotráfico en tribunales norteamericanos. Como resultado de esa acción militar el barrio del Chorrillo, donde se encontraba la comandancia de las Fuerzas de Defensa de Panamá, fue destruido en gran parte.
En la actualidad, la Ciudad de Panamá, que incluye los distritos de Panamá y San Miguelito principalmente, así como otros distritos y corregimientos cercanos, supera los 1.2 millones de habitantes.
